События первой редакции Metamorphosis Alpha происходят на космическом корабле поколений «Смотритель» (Warden), на котором произошла катастрофа, унесшая жизни многих колонистов и членов экипажа. Пережившие катастрофу потеряли знания технологии, считают корабль своим миром и исследуют его, сталкиваясь с многочисленными мутантами. Таким образом, Metamorphosis Alpha можно охарактеризовать как «зачистку подземелий» в космосе.
