Спустя несколько сотен лет после событий Final Fantasy XIII-2 Молния просыпается на островах под названием Novus Partus, плывущих в Море Хаоса (англ. Sea of Chaos). Острова служат последним убежищем для человечества. Молния должна спасти мир, проснувшись всего за 13 дней до его гибели.
